马祖位于闽江口，闽江洪泛期在春末到夏初(4-7月)，同时夏季台湾海峡水会侵入此一水域，冬季主要受到大陆沿岸水影响。因此水域生态明显受到闽江水注入及水团交替所影响。依据2021-2024植物性浮游生物数量长时间观测值，可将本水域分成冷季(<17℃)与暖季(＞17℃)，冷季特征为低温低盐高营养盐，此时植物性浮游生物受低温影响一直维持低密度状态。暖季(＞17℃)再以27℃为界分为洪泛期与非洪泛期，洪泛期大量闽江水注入，带入丰富营养盐，所以此时海水盐分波动极大，经常出现低盐状态。此一时期营养盐浓度偏高，特别是陆缘性硅酸盐非常高，植物性浮游生物经常出现高密度状态。非洪泛期由夏季到冬初，该时期营养盐浓度随着时间逐渐降低，植物性浮游生物密度维持不高但稳定状态。暖季非洪泛时期叶绿素浓度明显较洪泛期为低但硅藻无明显减少现象。由此推估此时硅藻内叶绿素值偏低，生理状态处于不佳状态。依据四年数据分析结果显示，本区域海洋生态系变化，主要受到洪泛期大量闽江水注入带入丰富营养盐(特别是硅酸盐)，造成硅藻快速成长增加所影响，到非洪泛期主要受到高温低盐低营养盐之台湾海峡水影响海水营养盐偏低，受此影响植物性浮游生物数量偏低(硅藻数量稳定)。

在暖季洪泛期会发现硅藻藻华及种类更替现象，依据2021年8月到2022年7月利用18SrRNA 及显微镜计数，发现在夏初有明显藻华现象最大值为5 × 105 cells L-1。洪泛期主要出现种类为Pseudo-nitzschia spp., Chaetoceros spp., 与Skeletonema spp.。 初期高营养时期三者一起出现，当营养盐开始降低时优势种成为Pseudo-nitzschia spp. 接着为Skeletonema spp.，Skeletonema spp. 主要受到硝酸营控制，同时此两种出现呈现负相关代表两者处于竞争状态，因此此两种更迭除了营养盐外也与竞争密切相关。在低营养盐状态优势种变成为Chaetoceros spp.此可能与磷酸盐有一定关系。