福建省海陆界面生态环境重点实验室(Fujian Provincial Key Laboratory for Coastal Ecology and Environmental Studies, CEES)前身为成立于2000年5月教育部-福建省共建“海洋环境科学联合重点实验室”，为厦门大学与福建海洋研究所联合共建；2011年正式更名为“福建省海陆界面生态环境重点实验室”，2017年被评为优秀重点实验室。

实验室以台湾海峡及其毗邻近海－流域为典型研究区域，瞄准全球变化和人类活动等多重压力下近海－流域生态系统演变机制的重大科学前沿，同时针对国家与地方对近海－流域生态安全和防灾减灾的重大需求，主攻区域海洋生态环境演变与海陆统筹管理，提高区域海洋与海岸带管理的科技服务能力，促进海峡两岸海洋生态环境领域的合作，为建设福建海洋强省、为海峡西岸经济区的可持续发展提供科学技术支撑。